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磁珠法蛋白純化越來越受到很多科研小伙伴的青睞，使用磁珠純化方法比填料柱方法操作更加便捷、磁珠的載量更高、獲取的蛋白純度更高。
在磁珠法蛋白純化被逐漸接受的同時，有的用戶由于剛接觸磁珠法蛋白純化，對于磁珠法的原理、性能不熟悉，導致純化過程中遇到些問題，今天小編就用戶使用磁珠過程中經常遇到的問題，科普一番，開啟我們探究磁珠法蛋白純化失敗的真相之旅！
His-tag蛋白純化磁珠原理
His-tag蛋白純化磁珠是在瓊脂糖微球的內部填充磁性內核，在表面固定金屬離子Ni2+或Co2+，Ni2+或Co2+可以和蛋白His標簽中組氨酸形成配位鍵，將目標蛋白結合到磁珠上，后通過磁性分離器分離出來。
純化結果分析的依據：電泳圖、緩沖液配方和蛋白性質
建議用戶用粗蛋白液、流穿液（蛋白結合到磁珠上剩余的液體）、洗滌液、洗脫液跑SDS-PAGE凝膠電泳，以便分析實驗結果。
緩沖液配方中不得不提兩個關鍵物質咪唑濃度和鹽離子濃度。
1.咪唑與標簽蛋白競爭結合磁珠表面的金屬離子，因此緩沖液中咪唑濃度可以影響獲得目的蛋白的純度和目的蛋白獲得率。一般推薦梯度洗脫，獲取目的蛋白。
2.鹽離子濃度可以影響蛋白質的溶解度，從而影響蛋白與磁珠的結合能力。稀濃度鹽離子可以促進蛋白質的溶解，高濃度中性鹽會破壞蛋白質的膠體性質，使蛋白質溶解度降低。
蛋白純化失敗分析
一、目的蛋白純度低
當純化得到的目的蛋白純度低時，可以增加洗滌液中（washing buffer）咪唑濃度。雜蛋白與磁珠結合力比較弱，增加洗滌液中咪唑濃度這樣可以將結合在磁珠上雜蛋白洗滌下來。這里有一個典型的例子分享給大家。
從電泳圖中可以看出，當洗滌液中咪唑由60mM增加達到100mM時，雜蛋白不見啦，這一招你get了嗎？
二、目的蛋白量少
當出現純化后目的蛋白的量少時，通常有這三種情況：
1.粗蛋白液中蛋白大部分在沉淀里，上清液中蛋白量少
解決建議：根據蛋白質性質調節鹽離子濃度增加蛋白的溶解度。增加磁珠的量，提高蛋白結合上磁珠的幾率。
2.上清液中蛋白濃度大，流穿液中蛋白濃度也大
解決建議：說明蛋白沒有結合到磁珠上，可以降低咪唑濃度、降低鹽離子濃度來增加蛋白與磁珠的結合力。還有一種可能目標蛋白沒有his標簽，建議Western blot確認標簽，重新構建載體。
3.上清液中蛋白濃度大，流穿液中蛋白濃度少，洗脫液中蛋白濃度低
解決建議：說明蛋白在磁珠上沒有洗脫下來，建議增加洗脫液中咪唑濃度到500mM。或者取洗脫后的磁珠放于沸水中煮5min后，取剛煮過磁珠的液體跑電泳驗證。
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